根据大连市地税局专项检查工作安排，检查人员对日本S株式会社大连代表处地方税收缴纳情况进行了检查。日本S株式会社大连代表处成立于2001年7月，注册类型为外国企业代表处，3名日本员工在华时间均已超过5年。 

　　检查人员在检查其日本员工的工资、奖金发放情况时，发现该大连代表处每年都是在年底对日本员工当年奖金按照全年一次性奖金进行纳税申报。经过询问，该大连代表处首席代表回答说S株式会社日本公司总部发放员工奖金是每年2次，即上半年一次、下半年一次，但是日本S株式会社大连代表处的日本员工奖金每年只发放一次。 

　　检查人员对此产生了疑问，根据检查其他日本企业代表处的经验，日本企业发放员工奖金都是每年2次，而且对于日本境外代表处的员工，日本企业习惯于将其工资、奖金的绝大部分支付给其留在日本境内的家人，日本公司总部在发放奖金时会将日本总部员工和日本境外代表处员工的奖金发放清单一并做出，并同时将日本境外代表处员工奖金的一部分支付给其日本境内家属，剩余部分汇往境外代表处。 

　　根据国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号）的规定，纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。据此分析，检查人员判断很可能是日本公司总部每年上、下半年分2次把奖金支付给该大连代表处，但是该大连代表处每年6月份收到上半年奖金发放给员工时，没有将其与日本境内支付部分一块并入员工当月工资、薪金扣缴个人所得税，而是在年底收到下半年奖金时将上、下半年2次的奖金合并为一次，按照全年一次性奖金进行纳税申报。这样做实际上是降低了工资、薪金所得个人所得税的税率，少缴了个人所得税。 

　　根据上述分析，检查人员要求该大连代表处提供日本公司总部出具的证明材料，以证实该大连代表处每年实际发放奖金的次数，并向其重申了税法的严肃性以及下一步还要采取的稽查手段。刚开始，该大连代表处只提供了一份大连代表处奖金支付明细的电子表格，说是日本总部通过电子邮件传给该大连代表处，但是既没有日本总社社长的签名，也没有其他能证明该表格是由日本公司总部出具的手续。检查人员认为该表格没有证明效力，要求该大连代表处重新提供由日本公司总部直接发过来的传真件。在检查人员的坚持下，该大连代表处提供了日本公司总部发来的传真，上有日本S株式会社社长的签名，传真上交代得很清楚，日本S株式会社对于大连代表处的职员，实行的是每年2次的奖金支付。 

　　在证据面前，该大连代表处首席代表承认每年6月份收到上半年奖金发放给员工时，没有将其与日本境内支付部分一块并入员工当月工资、薪金扣缴个人所得税，而是在年底收到下半年奖金时将上、下半年2次的奖金合并为一次，按照全年一次性奖金进行纳税申报，证实了检查人员的判断。最后，该大连代表处按照税务机关作出的处理和处罚决定补缴了税款和罚款。